自行协商是双方当事人之间的磋商，没有交管部门作为第三方加入协调，协商一致后，双方签署交通事故赔偿协议书。
适用条件不同
自行协商的适用条件：
（1）机动车与机动车、机动车与非机动车之间发生财产损失，当事人对事实及成因无争议的。
（2）非机动车与非机动车或者行人发生财产损失，基本事实及成因清楚的。据此，自行协商只限定于财产损失之间，因为假如事故造成人身伤亡的，可能涉及刑事方面的交通肇事，不是简单的民事协商就可以解决的。
对交通事故进行调解，是公安交管部门响应事故当事人的共同请求，主持调解事宜，促成事故双方达成共识。根据《道路交通处理程序规定》第17条的规定，发生交通事故，当事人共同请求调解的，交通警察应当当场进行调解，并在道路交通事故认定书上记录调解结果，由当事人签名，交付当事人。同时，《道路交通事故处理程序》第18条规定的调解的除外情形：
（1）当事人对道路交通事故认定有异议的；
（2）当事人拒绝在道路交通事故认定书上签名的；
（3）当事人不同意调解的。此时，交通警察可以在道路事故认定书上载明有关情况，并将认定书交付当事人。
期限不同
调解的期限是有明文规定的。根据《道路交通处理程序》第63条的规定：公安机关交通管理部门应当按照下列规定日期开始调解，并于十日内制作道路交通事故损害赔偿调解书或者道路交通事故损害赔偿调解终结书。调解时间的起算点根据事故情况的不同为有所区别，
（1）对交通事故致伤的，调解从治疗终结或者定残之日起开始；
（2）对交通事故致死的，调解从规定的办理丧葬事宜时间结束之日起开始；
（3）对交通事故仅造成财产损失的，调解从确定损失之日起开始。
自行协商的期限没有相关明确规定，但自行协商的情况一般是财产损失，时间方面一般比较快捷，甚至在事故当场就可以达成协商一致。
调解书与损害赔偿协议
事故当事人经过调解，达成调解协议的，公安机关应当当场制作交通事故损害赔偿调解书，由各方当事人签字，分别送达各方当事人。
事故当事人自行协商一致达成协议的，填写道路交通事故损害赔偿协议书，并共同签名。损害赔偿协议书内容包括事故发生的时间、地点、天气、当事人姓名、机动车驾驶证号、联系方式、机动车种类和号牌、保险凭证号、事故形态、碰撞部位、赔偿责任等内容。
不服调解书或损害赔偿协议的救济
调解期满后未达成协议的，经调解各方当事人未达成协议的，公安机关交通管理部门应当终止调解，制作道路交通事故损害赔偿调解终结书送达各方当事人。
自行协商达成的损害赔偿协议书，当事人任何一方不履行协议书内容的，当事人可以就损害赔偿协议书向人民法院提起民事诉讼，要求对方履行协议书内容，或者另行提起交通事故损害赔偿的民事诉讼。
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